En esta condición, usualmente hay una comunicación interventricular (CIV) con enfermedad pulmonar vascular obstructiva (EVPO). La resistencia al flujo a los pulmonares produce un corto-circuito de derecha a izquierda, de tal manera que la sangre pasa del ventrículo derecho al ventrículo izquierdo a través de la CIV.

(El término Complejo de Eisenmenger también puede ser usado para describir otras condiciones en donde hay EVPO y un corto-circuito de derecha a izquierda, como los defectos con ventrículo único, persistencia del conducto arterioso, canal atrio-ventricular, y tronco arterioso común.)